El Observatorio Universitario San Jorge del deporte de base cuenta con un Consejo de Dirección compuesto por:
- El Rector Magnífico de la Universidad San Jorge, que lo preside.
- El Vicerrector de Investigación y Empresa de la Universidad San Jorge.
- El Secretario General de la Universidad San Jorge, que actuará en dicha condición.
- El Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud de la Universidad San Jorge
- El Director del Observatorio.
Funcionalmente se estructura en siete Secciones o áreas de actuación:
- Los valores del deporte de base.
- La transversalidad del deporte de base
- Legislación y normativa aplicable al deporte de base.
- Animación y recreación a través del deporte de base
- Entrenamiento, competición y alto rendimiento en el deporte de base.
- Deporte de base y salud.
- Instalaciones, equipamientos y productos/servicios en el deporte de base.
Además, por cada una de las Secciones o áreas se constituirá una Comisión Técnica, formada por:
- El Director del Observatorio.
- El responsable de la Sección.
- Entre uno y cinco asesores técnicos.
- Un representante por cada una de las entidades que tengan la condición de colaborador principal de la sección.